Gemeinsam mit Gunda Urban, Udo Penner, Richard Lutterbeck und Raimond Göbel setzt Hillmer viel Energie ein, um den Traum vom eigenen Kino mit einem unabhängigen Programm Wirklichkeit werden zu lassen. Sein Lehramtsstudium tritt mit der Eröffnung des Lichtwerks im Dezember 1985 immer weiter in den Hintergrund. Bis 1988 arbeitet er ehrenamtlich und gestaltet mit einer Gruppe von Filmenthusiasten das Programm. Dann erst erlauben es die finanziellen Möglichkeiten des Filmhauses, die Tätigkeit auf geringer Basis in ein Angestelltenverhältnis umzuwandeln. Im Laufe der frühen Jahre entwickelt sich das Lichtwerk zu einem wichtigen Faktor in der Bielefelder Kinolandschaft und die Strahlkraft des Programms reicht bis weit in die Region. Neben der Präsentation von Kinogeschichte und Repertoirefilmen spielten immer deutlicher interessante Erstaufführungen aktueller Filme eine Rolle im Lichtwerk-Programm. Mit einem Saal von anfangs 63 und später 73 Plätzen gehen die Programm-Macher an die Grenzen der Belastbarkeit und entwickeln eine Vorstellungsstruktur die von Matinéen über Kinderfilme bis zu Spätvorstellungen reicht. Die Projektoren rattern fast rund um die Uhr und das gehaltvolle Programm wird in der Folge von der Filmstiftung NRW und später auch vom Bund (finanziell) ausgezeichnet und gewürdigt. Die Filmstiftung NRW wird wiederholt zum Partner für spezielle Filmprogramm und fördert wiederholt das Profil „Kino mit Gästen“. Das Lichtwerk wird verlässlicher Partner für viele Kooperationen mit städtischen Einrichtungen. In der flachen Filmhaus-Hierarchie wird Jürgen Hillmer immer mehr zum eigentlichen Geschäftsführer des Bereichs Abspiel im Filmhaus. Die Programm-Gruppe, in der zwischen 1985 und 2006 neben Hillmer u.a. Kerstin Pia Barz, Susanna Düllmann, Christina Essenberger, Tom Fechner, Matthias Goßmann, Christina Guminski, Ronald Herzog, Lilian Räber. Daniel Wildmann mitwirkten, schafft es, das Lichtwerk in der Öffentlichkeit als Flaggschiff der Filmhausarbeit zu etablieren.

Erst mit dem Umzug des Lichtwerks von der August-Bebel-Straße in den Ravensberger Park und der damit verbundenen Ausgründung des Kinos als eigenständige GmbH wird Jürgen Hillmer tatsächlich auch juristisch zum Geschäftsführer der Lichtwerk Filmtheater GmbH. Ab Januar 2006 leitet er die Geschäfte für ein Kino mit drei Sälen und einem großen Foyer. Jetzt können Träume realisiert werden, die in der beschränkenden Enge des Filmhaus-Kinos herangereift waren. Reihen wie „Lichtwerk literarisch“, „Lichtwerk kulinarisch“, „Lichtwerk psychologisch“, „Architektur und Film“, die „Sneak Preview“ und die Repertoire-Reihe „Long Time No See“ wurden neu etabliert und alte Konzepte wie „Kino mit Gästen“, „Kirche und Kino“ und „Stummfilm und Musik“ fortgesetzt.